安装¶
从 PyPI¶
pip install alnkit # 分析链路
pip install "alnkit[plot]" # + 绘图（matplotlib）
要求 Python >= 3.10。
- 必需：
pysam（读 BAM/FASTA；自带 samtools 能力，但 0.3.0 起包内不再做排序/建索引）； - 长读长链路必需：
minimap2（long classify的 overlap、long locate的锚点比对、plot ribbon的内部比对、long assemble默认的assembly_support.tsv都要它； 目前没有纯 Python 等价替代）； - 可选：
matplotlib（alnkit[plot]，只有绘图子命令需要）。 - 不要装
mappy也能用：它只是 minimap2 的 Python 绑定，只返回比对命中，不产出 BAM/PAF， 无法替代本包对minimap2命令行输出的依赖。
从源码（开发）¶
git clone git@github.com:liuyinzhe/alnkit.git
cd alnkit
pip install -e ".[dev,docs]"
python -m pytest
外部命令（不在 wheel 里）¶
| 命令 | 用途 | 建议版本 | 装法 |
|---|---|---|---|
minimap2 |
比对（长读长 / overlap / 丝带图内部比对） | >= 2.24 | conda install -c bioconda minimap2 |
samtools |
可选：只有 plot tracks --bam-mode subset 会调用外部 samtools；准备上游文件（faidx/sort/index）时你自己需要 |
>= 1.16 | conda install -c bioconda samtools |
bwa |
二代比对（可选，用户自己跑） | — | conda install -c bioconda bwa |
装完自检：
alnkit doctor
它会打印每个组件的版本；必需项缺失时退出码为 1，可选项缺失只提示。
不装外部命令会怎样¶
long locate、long assemble（默认开启的支撑度报告，可用 --no-support-report 关掉）、
plot ribbon 的「内部比对」模式都会调用 minimap2——它们要吃 minimap2 的 SAM/PAF 输出，
没有替代实现。缺 minimap2 时：long assemble 只警告并跳过该报告（其余产物照常），
long locate 与 plot ribbon 直接报错（退出码 1）。
其余命令只吃你自带的 BAM/PAF，不需要任何外部比对器；
samtools 只有 plot tracks --bam-mode subset 会用。