alnkit¶
BAM/PAF 的插入证据工具箱：断点提取 + 独立绘图。
三个支柱，互不依赖：
| 支柱 | 回答的问题 | 入口 |
|---|---|---|
| 长读长（三代） | 外源插在基因组的哪里、结构如何、能不能拼出来 | alnkit long * |
| 短读长（二代） | 断点在哪、有多少 SR/PESR/DUP 证据、有没有同源干扰 | alnkit short scan |
| 绘图 | 一条 read 上都有什么片段；一段序列出现在哪些组装的哪里 | alnkit plot * |
三条链路¶
三代：参考 + 外源 → 合并参考 → 比对 → 目标 read 分类 → overlap 图 → 断点/类 → 组装 → 落点(丝带图)
二代：BAM → SR/PESR/DUP 断点证据 → 归属/同源干扰 → 位点窗口合并 → 三张表
绘图：任意 FASTA/PAF → 丝带图 ；任意 BAM/PAF/段表 → 单 read 轨道图
设计原则¶
- 表是接口，图是渲染：所有分析先落成 TSV，图从 TSV 出，可重画而不必重跑比对。
- 单一来源：同一功能只有一处实现；同一列定义只有一处（
alnkit.core.tables）。 - 契约先定：坐标系、列名、列序、排序规则写死在核心层，模块不得自己拼表头。
- 可独立使用：
plot与seg table不依赖任何上游步骤产物。