alnkit long graph¶
读 all-vs-all PAF（minimap2 -x ava-pb -c），每对 read 只保留最好的一条 overlap，再求全局连通分量。方案 A 的类别由断点共享 reads 决定，这里只用于观察 overlap 结构。
用法¶
alnkit long graph [全局选项] [--paf …] [--classification …] [--outdir …] [--min-overlap …] [--min-identity …]
参数¶
| 参数 | 必填 | 默认 | 说明 |
|---|---|---|---|
--paf |
是 | — | all-vs-all PAF（minimap2 -x ava-pb -c） |
--classification |
是 | — | read_classification.tsv |
--outdir |
是 | — | 输出目录 |
--min-overlap |
否 | 300 |
边所需最小 overlap（默认 300 bp） |
--min-identity |
否 | 0.85 |
边所需最小一致率（默认 0.85） |
全局选项（每个子命令都有）¶
| 参数 | 必填 | 默认 | 说明 |
|---|---|---|---|
--log-level LEVEL |
否 | INFO |
日志级别：DEBUG / INFO / WARNING / ERROR |
--quiet |
否 | 关 | 只输出错误（等价 --log-level ERROR） |
例子¶
alnkit long graph --paf overlaps.paf \
--classification 03_classify/read_classification.tsv --outdir 04_overlap
退出码¶
0 成功（可有警告）/ 1 运行期错误 / 2 参数或前置校验失败。