alnkit seg table¶
输出规范列（默认）或历史 14 列（--columns legacy）。
用法¶
alnkit seg table [全局选项] [--bam …] [--out …] [--fai …] [--columns …] [--read-file …] [--skip-secondary]
参数¶
| 参数 | 必填 | 默认 | 说明 |
|---|---|---|---|
--bam |
是 | — | 比对 BAM（顺序扫描，不需要索引） |
--out |
是 | — | 输出 TSV |
--fai |
否 | — | 参考序列的 .fai（提供后带 chrom_length 列） |
--columns |
否 | canonical |
canonical（默认，带基准后缀）或 legacy（历史 14 列，逐字节兼容）（可选：canonical, legacy） |
--read-file |
否 | — | 只导出这些 read（一行一个） |
--skip-secondary |
否 | 关 | 跳过 secondary 比对 |
全局选项（每个子命令都有）¶
| 参数 | 必填 | 默认 | 说明 |
|---|---|---|---|
--log-level LEVEL |
否 | INFO |
日志级别：DEBUG / INFO / WARNING / ERROR |
--quiet |
否 | 关 | 只输出错误（等价 --log-level ERROR） |
例子¶
alnkit seg table --bam reads.sorted.bam --fai ref.fa.fai --out seg.tsv
alnkit seg table --bam reads.bam --out legacy.tsv --columns legacy
退出码¶
0 成功（可有警告）/ 1 运行期错误 / 2 参数或前置校验失败。