alnkit plot ribbon¶
方式 1：给 --reference + --query，内部跑 minimap2；方式 2：给 --paf（现成比对），直接画图。
用法¶
alnkit plot ribbon [全局选项] [--reference …] [--query …] [--query-file …] [--paf …] [--reference-name …] [--query-name …] [--outdir …] [--name …] [--title …] [--reference-position …] [--order …] [--order-file …] [--dpi …] [--min-label-bp …] [--label-coordinate …] [--max-labels-per-row …] [--placement-table …] [--region-table …] [--min-identity …] [--min-block-bp …] [--preset …] [--query-preset …] [--threads …]
参数¶
| 参数 | 必填 | 默认 | 说明 |
|---|---|---|---|
--reference |
否 | — | 参考侧，格式 标签=fasta路径[:片段名]（--paf 模式可省略） |
--query |
否 | — | 查询侧，格式同上；可重复 |
--query-file |
否 | — | 查询清单文件（每行一个 标签=路径[:片段名]） |
--paf |
否 | — | 现成 PAF（方式 2；需带 -c 才有匹配列） |
--reference-name |
否 | — | --paf 模式下指定哪条是参考行 |
--query-name |
否 | — | 只画这些查询片段；可重复 |
--outdir |
是 | — | 输出目录 |
--name |
是 | — | 输出文件名前缀 |
--title |
否 | — | 图标题（英文，避免缺字体） |
--reference-position |
否 | top |
参考行放顶部还是底部（可选：top, bottom） |
--order |
否 | — | 行顺序，用逗号分隔（如 reference,insertA） |
--order-file |
否 | — | 行顺序清单文件 |
--dpi |
否 | 100 |
PNG 分辨率（默认 100） |
--min-label-bp |
否 | 300 |
只标长度不小于它的块（默认 300） |
--label-coordinate |
否 | query |
标签用哪套坐标（可选：query, reference, both） |
--max-labels-per-row |
否 | 8 |
每行最多标签数（默认 8） |
--placement-table |
否 | — | 额外输出位置汇总表 |
--region-table |
否 | — | 额外输出同源区域表 |
--min-identity |
否 | 0.8 |
保留块的最小一致率（默认 0.8） |
--min-block-bp |
否 | 200 |
保留块的最小长度（默认 200） |
--preset |
否 | asm20 |
minimap2 预设（默认 asm20；auto=按长度分档） |
--query-preset 标签=预设[ 额外参数] |
否 | — | 按查询标签覆盖比对参数；可重复 |
--threads |
否 | 8 |
线程数（默认 8） |
全局选项（每个子命令都有）¶
| 参数 | 必填 | 默认 | 说明 |
|---|---|---|---|
--log-level LEVEL |
否 | INFO |
日志级别：DEBUG / INFO / WARNING / ERROR |
--quiet |
否 | 关 | 只输出错误（等价 --log-level ERROR） |
例子¶
alnkit plot ribbon --paf aln.paf --reference-name assembly_a --outdir out --name ex4
alnkit plot ribbon --reference "ins=exog.fa:insertA" --query "C01=asm.fa:oe_contig1" --outdir out --name exog_vs_class
退出码¶
0 成功（可有警告）/ 1 运行期错误 / 2 参数或前置校验失败。