alnkit long locate

为每个类构造查询序列（断点旁 50 bp 锚点 + 全部外源），与类组装比对后逐条 contig 出图，并把锚点/外源在 contig 上的落点还原成参考基因组坐标。

用法

alnkit long locate [全局选项] [--regions …] [--sites …] [--reference-fasta …] [--exog …] [--assembly-dir …] [--outdir …] [--threads …] [--flank-bp …]

参数

参数	必填	默认	说明
--regions	是	—	breakpoint_classes.tsv
--sites	是	—	breakpoint_sites.tsv
--reference-fasta	是	—	参考基因组 fasta（需 .fai）
--exog	是	—	外源 fasta，可重复
--assembly-dir	是	—	06_assembly
--outdir	是	—	输出目录
--threads	否	12	minimap2 线程数（默认 12）
--flank-bp	否	50	断点锚点长度（默认 50 bp）

全局选项（每个子命令都有）

参数	必填	默认	说明
--log-level LEVEL	否	INFO	日志级别：DEBUG / INFO / WARNING / ERROR
--quiet	否	关	只输出错误（等价 --log-level ERROR）

例子

alnkit long locate \
          --regions 05_breakpoints/breakpoint_classes.tsv \
          --sites 05_breakpoints/breakpoint_sites.tsv \
          --reference-fasta reference.fa \
          --exog exog/insertA.fa --exog exog/insertB.fa \
          --assembly-dir 06_assembly --outdir 07_ribbon_positions

退出码

0 成功（可有警告）/ 1 运行期错误 / 2 参数或前置校验失败。