alnkit plot tracks

一条 read 一行，横轴为 read 自身坐标；每个比对片段画成一个块。输入三选一：--bam / --paf / --segments-tsv。

用法

alnkit plot tracks [全局选项] [--bam …] [--paf …] [--segments-tsv …] [--read …] [--reads-file …] [--exog …] [--bam-mode …] [--min-mapq …] [--highlight-ref …] [--outdir …] [--name …] [--title …] [--dpi …] [--fig-width …] [--label-mode …] [--max-axis-bp …] [--include-secondary] [--full-read-names] [--exact-highlight]

参数

参数	必填	默认	说明
--bam	否	—	BAM（pysam 读取）
--paf	否	—	minimap2 PAF（需要 -c）
--segments-tsv	否	—	已整理的片段表
--read	否	—	只画这些 read；可重复
--reads-file	否	—	read 名列表文件（一行一个，空行/# 跳过）
--exog	否	—	外源序列名；可重复或用逗号分隔
--bam-mode	否	auto	BAM 取数方式：auto（默认）/scan/subset（可选：auto, scan, subset）
--min-mapq	否	0	最小 MAPQ（默认 0）
--include-secondary	否	关	包含 secondary 比对
--highlight-ref	否	—	要标注的参考断点，格式 chrom:pos；可重复
--outdir	是	—	输出目录
--name	否	read_tracks	输出文件名前缀
--title	否	Read-axis alignment segments	图标题（英文，避免缺字体）
--full-read-names	否	关	左侧显示完整 read 名
--dpi	否	150	PNG 分辨率（默认 150）
--fig-width	否	14.0	图宽（英寸，默认 14）
--exact-highlight	否	关	参考断点按 CIGAR 精确映射（BAM 输入）
--label-mode	否	auto	片段标签：auto（默认）/inline/side（可选：auto, inline, side）
--max-axis-bp	否	—	超过该长度折叠内容空隙（断轴）

全局选项（每个子命令都有）

参数	必填	默认	说明
--log-level LEVEL	否	INFO	日志级别：DEBUG / INFO / WARNING / ERROR
--quiet	否	关	只输出错误（等价 --log-level ERROR）

例子

alnkit plot tracks --segments-tsv seg.tsv --outdir out
     alnkit plot tracks --bam reads.bam --read readA --exog insertA --highlight-ref chr1:1000001 --outdir out

退出码

0 成功（可有警告）/ 1 运行期错误 / 2 参数或前置校验失败。