alnkit long assemble

每个类先拿一条最长的接头 read 作种子，再从 overlap 边里反复挑一条能往左/右延伸的 read，把非重叠悬垂序列接到 contig 两端。

产物：/<类>/overlap_extension/contigs.fasta + assembly_stats.tsv，外加 /assembly_support.tsv（默认开，需 minimap2；--no-support-report 关）。 想看这次组装靠不靠得住，就看 /assembly_support.tsv 的 status 列。

用法

alnkit long assemble [全局选项] [--classes-dir …] [--paf …] [--outdir …] [--min-overlap …] [--min-identity …] [--agreement-bp …] [--threads …] [--no-support-report]

参数

参数	必填	默认	说明
--classes-dir	是	—	05_breakpoints/classes
--paf	是	—	all-vs-all PAF
--outdir	是	—	输出目录
--min-overlap	否	500	延伸所需最小 overlap（默认 500 bp）
--min-identity	否	0.9	延伸所需最小一致率（默认 0.90）
--agreement-bp	否	200	多个邻居给出同一位置时允许的起点差（默认 200 bp）
--no-support-report	否	关	不生成 assembly_support.tsv（默认会用 minimap2 回映 reads 做支撑度统计）
--threads	否	4	minimap2 回映线程数（默认 4）

全局选项（每个子命令都有）

参数	必填	默认	说明
--log-level LEVEL	否	INFO	日志级别：DEBUG / INFO / WARNING / ERROR
--quiet	否	关	只输出错误（等价 --log-level ERROR）

例子

alnkit long assemble \
          --classes-dir 05_breakpoints/classes \
          --paf 04_overlap/overlaps.paf --outdir 06_assembly

加了支撑度报告后，先用
  column -t -s$'\t' 06_assembly/assembly_support.tsv
看每类 contig 的 covered_fraction / mean_depth / depth_cliffs / status。

退出码

0 成功（可有警告）/ 1 运行期错误 / 2 参数或前置校验失败。