alnkit long breakpoints

在 read 轴上按“紧邻片段”定义断点（基因组–外源 = vector S##；基因组–基因组 = genome G##a/G##b），两个断点共享 reads >= --min-shared 就合并为一类。

用法

alnkit long breakpoints [全局选项] [--segments …] [--classification …] [--overlaps …] [--reads …] [--merged-fai …] [--outdir …] [--site-gap …] [--min-shared …]

参数

参数	必填	默认	说明
--segments	是	—	alignment_segments.tsv
--classification	是	—	read_classification.tsv
--overlaps	是	—	overlap_edges.tsv
--reads	是	—	related_reads.fastq（输出每类子集用）
--merged-fai	是	—	合并参考 .fai（取序列长度）
--outdir	是	—	输出目录（建议 05_breakpoints）
--site-gap	否	20	同一 site 的边界允许错位（默认 20 bp）
--min-shared	否	2	合并断点所需最少共享 reads（默认 2）

全局选项（每个子命令都有）

参数	必填	默认	说明
--log-level LEVEL	否	INFO	日志级别：DEBUG / INFO / WARNING / ERROR
--quiet	否	关	只输出错误（等价 --log-level ERROR）

例子

alnkit long breakpoints \
          --segments 03_classify/alignment_segments.tsv \
          --classification 03_classify/read_classification.tsv \
          --overlaps 04_overlap/overlap_edges.tsv \
          --reads 03_classify/related_reads.fastq \
          --merged-fai merged.fa.fai --outdir 05_breakpoints

退出码

0 成功（可有警告）/ 1 运行期错误 / 2 参数或前置校验失败。