CLI 参考

本页与 cli/*.md 由 scripts/gen_cli_docs.py 从 argparse 定义生成，不要手改。 重新生成：python scripts/gen_cli_docs.py。

命令	说明
alnkit doctor	检查运行环境（Python / 依赖 / 外部命令）
alnkit selftest	运行内置自检（不需要输入数据）
alnkit seg table	BAM -> 比对段表
alnkit plot tracks	单条 read 的比对片段轨道图
alnkit plot ribbon	共线性丝带图（参考 vs 多个查询片段）
alnkit short scan	BAM -> 断点证据三张表
alnkit long graph	read-vs-read overlap 边与连通分量
alnkit long classify	目标 reads 分类 + 接头事件/位点/区域聚类
alnkit long breakpoints	断点图方案 A：紧邻片段断点 + 共享 reads 合并成类
alnkit long assemble	按 overlap 关系贪心延伸组装每个类
alnkit long locate	50 bp 断点锚点 + 外源查询 -> 丝带图 + 参考坐标还原